对于朱翊釴所提出的这点，朱载坖还是认同的，要加强兵部的军政职权，对于五军都督府和练兵军务处形成制约。除此之外，朱翊釴还提出了用军器装备上予以制约的看法，这点也得到了朱载坖的支持，随着大明官军的火器化程度提升，火器及其弹药在官军作战中所发挥的作用是越来越大了，这点是毋庸置疑的，而朱载坖之前在规划重工业发展的时候，就对此重点作了考量。
朝廷的重工业，尤其是军事工业，主要是部署在京师和南京附近，这样便于朝廷控制和调拨相关的武器装备，这其实是朱载坖之前就有所考虑的，现在只不过朱翊釴将其拿到台面上来了，对于军事工业，肯定是要有朝廷来严加控制的，相应的军器装备，也必须在朝廷的严密之下，所以军器、装备、弹药、粮秣、药品的调发，都必须经由朝廷的命令才校
虽然各边镇以及大城市也要拥有一些军事工业，但是他们主要是承担一些弹药的供应，军器的修理等事项，并且原料等物也要受到朝廷的控制，保证边镇没有做大、独立的空间，这点是极为重要的。
对于朱翊釴能够想到这两点朱载坖已经是很开心了，这明朱翊釴已经通过监国对于大明的政治有了一些了解的，他并没有采取直接限制武将权力的办法，这点是朱载坖很欣赏的，除此之外，朱载坖还提出了一个观点，就是战略预备队的建设与配置。
之前朱载坖整顿京营，重新组建亲军诸卫，其目的就是为了加强朝廷的力量，重新将京营和亲军诸卫变成大明的战略预备队使用，但是大明地域辽阔，之前朝廷的主要边患是在北方，所以成祖才迁都京师，同时将京营和亲军诸卫的重兵屯驻于京师，作为九边的战略预备队使用，这是大明之前所采取的国防战略。
但是随着北部边疆的相对平静和大明所面临的威胁日益多元化，从嘉靖朝的倭寇之乱中就可以发现对于大明构成威胁的不仅仅是北方，沿海同样存在着可以威胁大明的力量，日后从海上来的威胁将会是大明的主要威胁，而且随着朝廷的承平日久，南方军队缺乏战斗力，虽然经过嘉靖朝的整顿之后，浙直等处的官军战斗力有所提升，但是朝廷也发现了在南方朝廷的威信有所下降。
所以朱载坖借由收复缅甸和安南，还有打击浙直等处的地方势力，整顿了南方的官军，朱载坖认为仅仅加以整顿只是治标不治本的策略，真正要做的是在南方建立战略预备队，加强朝廷对于南方的威慑，所以朱载坖重新恢复了京操制度，在南北两京开始京操番上，加强朝廷对于各都司卫所的管理力度。
朱载坖还对于在南方配置战略预备队做了一些尝试，主要就是对于中都留守司的整顿，经过整顿之后的中都留守司，除了屯田各卫所之外，实有脱产军士四万余人，完全按照京营予以编制装备，是朝廷在南方除了南京京营之后所配置的一支战略预备队，极大的加强了朝廷对于浙直等省份的威慑力，加强了对于东南的控制。
除了整顿中都留守司之外，兴都留守司是在嘉靖十八年所设立的军事机构，隶属五军都督府中的前军都督府，驻地位于兴都承府，主要负责显陵与承二卫的守御防护事务，其只能定位与中都留守司类似，嘉靖二十一年，将原属湖广行都司的德安千户所、沔阳卫划归其统辖，形成湖广都司、行都司、留守司三个省级军事单位并立的格局 。所辖显陵卫由荆州左卫改制，承卫由安陆卫更名而来。
作为和中都留守司一样的建制，兴都留守司的地位也是很重要的，在之前的湖广分省之后，原来的湖广都司和湖广行都司被分别划分为湖北都司和湖南都司，兴都留守司维持不变，这就导致了兴都留守司的地位相对提高了，而朱载坖也有意在这里配置一支战略预备队，北控河南，南临湖广，扼九省之通衢，保江汉之无虞，地位是非常重要的。
同时随着朱载坖对于江汉平原的开发，这里继苏松之后成为了大明的又一个粮食产区，对于大明来，湖广的地位是越来越重的，湖广日后将会成为南粮北阅一个重要节点，同时由于湖广的特殊地理位置，古人居武昌之中，一水可通下。武汉影九省通衢”之称，下要冲之地。
朱载坖对于太子和皇太孙道：“湖广之形胜，在武昌乎？在襄阳乎？抑在荆州乎？以下言之，则重在襄阳；以东南言之，则重在武昌；以湖广言之，则重在荆州。夫武昌者，东南得之而存，失之而亡者也。”可见是地位之重要，所以朱载坖决定要在湖广以兴都留守司为骨干，组建一支战略预备队，配置在湖广。
除了在湖广组建战略预备队之外，在大明的要害地方，都要相应的配置战略预备队和机动部队，加强朝廷对于地方的控制，朱载坖认为中军都督府要发挥领导这些战略预备队的作用，同时将行都司的设立予以加强，朝野原本也在一些要冲之所设立了行都司，主要设置在偏远且重要的边疆要塞地区。
行都司的职能为掌管辖区军政事务，统辖下属卫所，与常规都司形成战略互补 。陕西、山西等行都司隶属不同都督府管辖，如山西行都司属后军都督府，福建行都司隶属前军都督府，陕西、四川行都司隶属右军都督府，在之前的朝廷改革之中，将部分行都司属地化了，如陕西行都司改为甘肃都司，但是现在朱载坖要重新恢复部分地区的行都司。
通过这些行都司，加强朝廷对边疆地区和战略要地的军事控制，其以武卫疆的特征在九边防御体系中发挥重要作用。
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