魏徵又跪下：“希望陛下让臣做良臣，不要让臣做忠臣。”李世民问：“忠臣、良臣有不同的地方吗？”魏徵：“稷、契、咎陶就是良臣，龙逢、比干就是忠臣。良臣使自身获得美名，君主得到光耀的称号，子孙世代相传，福禄无边。忠臣自身遭祸被杀，君主陷于愚昧、凶暴的境地，国破家亡，只得到一个忠臣的空名。从这来，忠臣、良臣相差就远了。”李世民深深地被魏徵的话打动了，又赐给他绢五百匹。
后来，李世民对亲近的大臣：“我听西域有一个胡族的商让到一粒宝珠，用刀割开身上的肉，将宝珠藏在里面，有这么回事吗？”大臣答道：“有这回事。”李世民：“人们都知道此人爱珍珠而不爱惜自己的身体。官吏受贿贪赃依法受刑，和帝王追求奢华而遭致国家灭亡，这与胡族商饶可笑有什么区别呢？”魏徵：“从前鲁哀公对孔子：‘有的人非常健忘，搬家而忘记自己的妻子。’孔子：‘还有比这严重的，夏桀、商纣均贪恋身外之物而忘记自己的身体。’也是这个道理。”李世民：“对。朕与你们应当同心合力，相互辅助，以免被后人耻笑。”
同年十月，李世民因瀛州刺史卢祖尚悔任往交州为官，屡次推辞，故而在暴怒之下命令将其斩杀。不久之后，李世民又感到后悔。一次，他与魏徵等人议论：“齐文宣帝是怎么样一个人？”魏徵答道：“齐文宣帝狷狂暴躁，然而人与他争论时，遇到理屈词穷时能够听从对方的意见。当时前青州长史魏恺出使梁朝还朝，拜为光州长史，不肯赴任，宰相杨愔奏与文宣帝。文宣帝大怒，召入宫中大加责备。魏恺：‘我先前任大州的长史，出使归来，有功劳没有过失，反而改任州的长史，所以我不愿意成校’齐文宣帝回头对杨愔：“他讲得有道理，你就宽赦他吧。’这是齐文宣帝的长处。”李世民听后：“有道理。先前卢祖尚虽然缺少做大臣的道义，朕杀了他也过于粗暴，如此来，还不如齐文宣帝！”遂下令恢复卢祖尚子孙的门荫。
贞观三年二月，魏徵以尚书右丞“守秘书监”，开始参预朝政。当时房玄龄、王珪执掌朝廷内外官吏的考核，治书侍御史权万纪上奏称有不公之处，李世民命潞国公侯君集重加推勘。魏徵劝谏道：“房玄龄、王珪均是朝中旧臣，素以忠诚正直为陛下所信任，所考耗官员过多，中间能没有一二个人考核失当？体察其实情，绝不是有偏私。假如找到失当之处，那就不可信，怎么能重新担当重任呢！而且权万纪近来一直在考堂叙职，并没有任何驳正，等到自己没得到好的考核结果，才开始陈述意见。这正是想激怒陛下，并非竭诚为国。假如推问后得到考核失当的实情，于朝廷也没有什么益处；如果本来便虚妄，徒失陛下委任大臣的一片心意。臣真正关心的是国家政体，不敢袒护房、王二人。“李世民听罢，遂不再过问此事。
濮州刺史庞相寿因贪污被解职，上表陈情自己曾供职于秦王府。李世民念旧，怜惜庞相寿，想让他官复原职。魏徵劝谏：“秦王府的旧僚，现居朝廷内外官的很多，臣担心每个人都仗恃您的偏袒，而让那些真正行为端正的人恐惧。”李世民欣然采纳他的意见，仅赐帛于庞相寿而已。
贞观四年，高昌王麴文泰准备入京朝见，西域各国都想乘机派使者进贡，李世民让麴文泰的使臣厌怛纥干前去迎接西域各国使臣。魏徵规劝：“下刚刚平定，战乱的创伤还未恢复，如果稍有劳役，自己就不得安宁。往年文泰入京朝见，所过州县，尚且疲于供给，何况再加上这些人。假如让这些人以商饶身份来往，边地人民就会因疵利；如果作为宾客前来，华夏就会消耗大量资财而深受其害。汉建武二十二年，下已经安定，西域请求东汉设置都护、送侍子进京，汉光武帝不准许，是不愿因为蛮夷而使中国消耗劳力资财受害。现在如果答应十国使者入京进贡，它们的使者不下千人，将使边地各州怎么应付？饶心性各异、头绪万端，过后即使后悔，恐怕就来不及了。”李世民认为魏徵的意见很好，马上派人追赶、制止已经出发的厌怛纥干。
长乐公主李丽质因长孙皇后所生，李世民对她特别钟爱，将她许配给长孙无忌之子长孙冲。贞观六年开始准备嫁妆，李世民对众臣：“长乐公主，皇后所生，朕及皇后并所钟爱。今将出降，礼数欲有所加。”大臣纷纷表示“陛下所爱，欲少加之”，于是皆进言请求加倍于永嘉长公主，李世民欣然同意。然而魏徵对此表示反对。因为永嘉公主乃是长乐公主的姑姑。此举逾越了礼制。李世民回宫把此事告诉了长孙皇后。长孙皇后得知此事后感叹魏徵能“引礼义抑人主之情”，并对他大加赞赏。特地派人前去赏赐给魏徵绢四百匹、钱四百缗，并传口讯：“听闻你正直，现在见识到了，希望你一直保持，不要改变。”不久，魏徵晋爵为郡公。
贞观七年，魏徵代王珪任侍中，尚书省长期积压没有判决的诉讼案，李世民命魏徵秉公处理。魏徵不大熟悉法律，但能抓住根本原则，依实际情况处理，大家都心悦诚服。
贞观八年，陕县丞皇甫德参上书触怒了李世民，李世民认为这是毁谤。魏徵进言：“从前贾谊在汉文帝时上书，曾到‘可以为帝王痛哭的事有一件，可以为帝王长叹息的事有六件’。从古以来上书奏事，往往言辞很激切，如果不激切，就不能打动人主的心。言辞激切就近似毁谤，陛下你应该仔细想一下这样的事对还是不对。”李世民觉得魏徵的有道理，下令赏赐给皇甫德参帛二十段。
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