驻守台湾城的荷兰司令揆一，在得知此消息后，妄图凭借其船坚炮利和城堡坚固，分三路向明军实施反扑：
第一路派出当时最先进的战舰，向停泊在台江的中国船只进攻。
第二路由贝德尔上尉率兵二百四十人，进攻从北线尾登陆的明军。
第三路由阿尔多普上尉，率兵力二百名，乘船增援赤嵌城。
看到荷兰人这些陆上布置，朱成功简直快要笑出声来。
他随即在北线和赤嵌城外分别部署了军队。
六月初三，两军率先在北路发生了北线尾陆战。
北线尾是一个不到一平方公里的沙洲，南端与台湾城相对，北端临鹿耳门航道。
荷军贝德尔上尉趁明军刚刚登陆，立足未稳，他率领着多达二百四十名士兵，乘船沿台江岸边急驶北线尾，上岸后还分两路向明军反扑。
贝德尔指挥荷军以十二人为一排，摆开战斗队形一边放着排枪，一边逼近明军。
面对此景，参将陈泽率大部兵力从正面放箭迎击，另派一部分兵力迂回到敌军侧后，夹击荷军。
事实证明，陈泽还是太高看这些荷兰红发夷人了，仅仅一个照面，荷兰军队就被箭雨给击溃了。
后来据荷兰文献记载：明军直接“箭如骤雨，连空似乎都昏黑起来”。
贝德尔发现自己腹背受敌，顿时变得手足无措。
而且他所指挥的那些荷军士兵，平日里拿着枪，欺负欺负手无寸铁的百姓尚可，这时哪见过这等大的阵仗啊！
仅仅一轮箭雨过后，这些荷兰兵此时的傲慢，则完全被恐惧所代替，许多荷兰士兵，手中的火绳枪，甚至还没有开火便把枪丢掉，抱头鼠窜，落荒而逃了。
在对面指挥的军官陈泽也傻眼了，这些红发夷人平日里叫嚣的很厉害，实际上了战场，就这？
呆愣了片刻，陈泽才猛然反应过来，随即嘹亮的鹅音响起，明军乘胜猛攻，将荷军“一鼓而歼”，“夷将拔鬼子(贝德尔)战死阵中，余夷被杀殆尽”。(徐鼒：《腆纪年附考》卷20)
南路增援赤嵌城的荷军，也被明军战败。
这支二百人组成的援军由阿尔多普上尉率领，乘船沿台江南岸驶往赤嵌城，企图为赤嵌城内的荷军解围。
朱成功发现后，立即出动“铁人”军还击。
他们双手挥舞大刀（荷兰人称为“豆腐刀”），争先恐后的奋勇向荷军砍去。
经过短暂的战斗，二百名荷军士兵只有六十名荷兰士兵逃脱，其余热当即被“铁人”军消灭。
阿尔多普上尉，屁滚尿流率着跑得快的六十人逃回台湾城，再也不敢出来了。
在台湾城的荷兰海军司令揆一·费里第里克，为荷兰国王之弟，闻言暴跳如雷，为了一雪前耻，立马派出当时最先进的荷兰战舰“赫克捅号战舰和其他四艘舰船，组成舰队，从海上对大明水师发动了攻击。
六月十二号，荷兰舰队以巨舰“赫克托号”为箭头，构成一个锋利的楔形阵。
赫克托号如同移动的海上堡垒，其双层炮甲板上，二十八门火炮的炮口次第排开，在晨光中泛着冷冽的青黑色。
这艘战舰，在当时世界上，也是最先进的一艘巨舰。
它侧翼的“格拉弗兰号”、“白鹭号”等舰紧随其后。
船帆鼓满海风，桨手们随着鼓点奋力划桨，舰队像一柄镶铁的战斧，直劈向远处黑压压一片的明军福建水师的船队。
朱成功所在旗舰上，了望哨的喊声急切：“红夷大舰五艘，全速向我军逼来！”
甲板上朱成功却神色不变，他早已料到荷兰人会依仗唯一的优势水军，凭借着船坚炮利，对他进行着决战。
他命令旗舰升起一串信号旗，指挥大大的福建水师舰船进入预定位置。
朱成功举着“千里眼”，胸有成竹的自言自语道:“螳螂张臂，请君入釜。”
明军前列舰队由镇将陈广率领，是三十余艘灵活的中型艍船和鸟船。
这些船只体型远于荷兰战舰，排水量不大，但胜在但转向灵活，吃水较浅。
他们迎着荷兰五艘舰船而去，但并不接战，而是呈扇形散开，看似慌乱地向台江之内海退却。
荷兰赫克托号舰长贝西莱是个傲慢的弗里斯兰老兵，他见状大笑道：“看！他们只会像鱼群一样逃窜！追上去，把这些乱窜的黄皮猴子都送进海底去！”
“轰轰轰！”
赫克托号率先开火，重型炮弹呼啸着砸入明军船队周围的水面，激起数丈高的白色水柱，剧烈的爆炸声在湾内回荡，但是却命中者寥寥无几。
明军水兵俯身在船舷后，听着炮弹从头顶掠过的尖啸。他们严格遵循着将领的命令：保持距离，不断用船首的佛郎机轻炮和碗口铳进行骚扰性射击。
铅弹和碎铁在荷兰舰的橡木船壳上“噼啪”作响，虽难以造成致命伤，却成功激怒了对手。
荷兰舰队被一步步引向水情更为复杂的七鯓身沙洲附近水域，那里暗礁密布，水深变幻莫测。
已时三刻，海面上的风向悄然转变，东南风骤急。
朱成功在楼船上看到旗舰桅杆顶的测风旗猛烈抖动，眼中精光一闪：“时已至，发火船！”
早已在侧后方隐蔽待命的二十艘火船，如同嗅到血腥味的鲨鱼群，突然从几座沙洲后蜂拥而出。
这些船是海战中的致命奇兵：船体装满硝石、硫磺、干草和桐油，船舷钉满浸油的尖刺，桅杆与帆索上也遍布引火之物。
每船仅有二三死士操舵，他们赤裸上身，以湿布蒙面，在逼近敌舰的最后时刻点燃船上的“火线总柜”，然后纵身跳入接应的舢板。
“上帝啊！是火攻船！”赫克托号了望哨的声音变流。
贝西莱这才惊觉中计，急忙下令道：“右满舵！所有火炮向左舷射击！快！”
但此时为时已晚。
东南风鼓动着火船的风帆，让它们以不可思议的速度冲向荷兰舰队的心脏。
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